A pesar de las teorías indias de Thor Heyerdhal, parece claro que los polinesios descienden de pobladores del sudeste asiático, que se establecieron al norte de Nueva Guinea y las islas de Micronesia, hace unos 3.500 años (la cultura de la Lapita), y de aquí colonizaron Fiji, hacia el 1.300 a.C., y muy poco después Tonga (hacia el 1.200 a.C), y Samoa (hacia el 1.000 a.C.), y aquí se detuvieron.
La siguiente ola de migración pasó a Tahití y sus islas y se estableció en las Marquesas, hacia el 300-600 d.c. De aquí, un poco más tarde, colonizaron Tahiti y sus islas, Hawaii y la isla de Pascua. La última tierra en ser colonizada fue Nueva Zelanda, hacia el año 1.000.
Raia'tea fue la primera isla del archipiélago de la Sociedad en ser habitada, hacia el 800-830 d.c.; el marae de Taputapuatea es el mayor y más importante marae de toda Polinesia francesa, y cada nuevo marae tenía que tener una piedra de él. Pero la mayor colección de maraes se encuentra al norte de la cercana isla de Huahine, con una antigüedad de unos 1.100 años.
A sí mismos, se dan el nombre de mao'hi (maori en Nueva Zelanda). Navegando en canoas dobles de madera, de velas de pandano, con mujeres y niños, plantas, perros y cerdos, estas gentes colonizaron Tonga y Samoa, las Islas Marquesas y Tahiti y sus islas, guiándose por el sol y las estrellas, en una fantástica epopeya de navegación.
A la llegada de los europeos, desconocían los metales. Antaño, tenían un dios principal (Taaroa, y después, Oro), y multitud de dioses menores. Tanto el culto como toda la vida giraba en torno a los maraes, meaes en las Marquesas, hechos de bloques superpuestos de roca o coral; algunos eran construcciones impresionantes: en ellos tenían lugar también los nacimientos, bodas, entierros... Los árboles que rodeaban los maraes eran a menudo sagrados. Aparte de los maraes, los polinesios adoraban a los tikis, estatuas de piedra, madera o coral, representaciones de los dioses.
La población se dividía en tribus, y se componía de tres clases: Arii, o realeza, Raatira, la aristocracia, y Manahune, la gente común (de ellos se hacían los sacrificios humanos). También había una clase de actores-comediantes que iban por todas las islas: los Arioi, que no podían tener hijos, y entre los cuales estaba muy difundido el infanticidio.
Las Islas Marquesas fueron las primeras en ser 'descubiertas' por los europeos: por el explorador español Alvaro de Mendaña, en 1.595. El archipiélago de las Tuamotu fue avistado ya por el holandés Le Maire en 1616, y la primera isla del archipiélago de la Sociedad, Maupiti, fue descubierta en 1722 por el también holandés Roggeveen.
Tahiti fue 'descubierta' por el inglés Wallis, en 1767, en una expedición conjunta con Carteret. El navío de Wallis, el Dolphin divisó Tahiti una neblinosa mañana del 18 de junio de 1767, y atracó en la bahía Matavai, al norte de la isla; desgraciadamente, un cuarto de la tripulación estaba enferma de escorbuto, incluido el propio Wallis, y no entendieron bien las intenciones de los nativos, lo que llevó a una descarga de los cañones del Dolphin. Wallis llamó a la isla Isla del Rey Jorge, y la reclamó para Inglaterra.
Menos de un año después, en Abril de 1768, el navegante francés Jean Antoine de Bougainville, en un viaje alrededor del mundo, al mando de sus dos barcos, L'Etoile y La Boudese, echaba el ancla en la laguna aledaña a Hitiaa, al E de la isla. Bougainville, hombre mucho más culto que Wallis, no tuvo ningún problema con los nativos, sino todo lo contrario: 'los tahitianos nos presionaban a escoger a una mujer e ir a tierra con ella, y en sus gestos, no ambiguos, se denotaba la manera en que teníamos que hacerlo'. Bougainville llamó a la isla Nueva Citérea, en honor al lugar de nacimiento de la diosa del amor Afrodita, y la reclama para Francia. Problemas con las anclas (perdieron varias) limitaron la estancia de Bougainville a nueve días.
Ambos iban a quedar eclipsados cuando, una año más tarde, otro navegante echó el ancla en la bahía Matavai en abril de 1769. En tres viajes al Pacífico entre 1769 y 1779, James Cook dejó aquel totalmente explorado.
Cook arribó a Tahiti en 1769, a bordo del H.M.S. Endeavour, para medir el paso del planeta Venus a través del sol, acompañado por naturalistas de la talla de Joseph Banks y Samuel Solander. Su estancia se prolongó durante tres fructísimos meses, en los cuales hicieron un gran catálogo de las plantas y animales de la isla, y descripciones de la sociedad y costumbres polinesias. Las relaciones con los nativos fueron cordiales, a pesar de la inclinación de los nativos a robar toda clase de objetos. Cook era un excelente navegante. En el viaje de vuelta, descubrió y cartografió completamente las dos islas de Nueva Zelanda.
El español Boenechea arribó a las costas de Tautira, en Tahiti, en 1772 y 1775, pero con escaso éxito. Cook volvió a Tahiti en dos ocasiones más, en 1773-4 y 1777-9, antes de morir en un malentendido con los nativos en las islas Hawaii.
Más de diez años pasaron en Tahiti hasta que otro navío europeo arribase a sus costas. El famoso capitán Bligh, a bordo de la Bounty, llegó en 1788 , con la misión de recolectar la fruta del árbol del pan. Imposibilitado de pasar el cabo de Hornos, hizo ruta por el este, con el resultado de llegar a la isla, tras un penoso viaje, pasada la época de recolección. Forzado a permanecer seis meses en la isla, muchos de sus tripulantes, incluido el primero de a bordo, Fletcher Christian, se unieron a nativas. Una vez la Bounty se hizo a la mar, y al pasar por las islas Tonga, la tripulación del navío se rebeló.
En 1797 llegaron a Tahiti los primeros misioneros de la London Misionary Society. Hasta Cook, los navegantes se habían cuidado mucho de meterse en los asuntos de la isla, respetando el equilibrio de los distintos jefes, pero desde la Bounty fue distinto: Pomaré II, con el apoyo de los misioneros, se hizo con el control de las islas, abandonó la religión primitiva y adoptó la cristiana.
Pero el monarca más importante de Tahiti fue una mujer: la reina Pomaré IV, quien reinó de 1827 a 1877, y se las arregló para obtener lo mejor de franceses e ingleses, sin casarse ni con unos ni con otros.
En 1840-42 los franceses se hicieron con el control de las islas y fundaron un protectorado. Finalmente, en 1880-88, durante el reinado de Pomaré V, hijo de Pomaré IV, las islas de Tahiti fueron anexadas a Francia.
En la actualidad, Polinesia Francesa cuenta con un amplio estatuto de autonomía, que le permite ocuparse de sus asuntos internos.